由于現有自來水、井水等中含有各中不利于食品制造的離子、物等，根據不同情況可以選用不同的工藝，有的只需要過濾出顆粒雜質，有的要脫除水的異味，有的要脫除水中的離子雜質。根據這些要求現在使用量比較大的工藝是反滲透純水處理工藝，

其流程如下：

1、原水→原水加壓泵→石英砂過濾器→活性炭過濾器→軟水器(可選)→保安過濾器→一級反滲透設備→無菌純水箱→純水增壓泵→紫外線器→微孔過濾器→EDI系統→無菌純化水箱→臭氧器→純化水增壓泵→臭氧器→紫外線器→微孔過濾器→純水用水點

2、原水→原水加壓泵→石英砂過濾器→活性炭過濾器→軟水器(可選)→保安過濾器→級反滲透→純水箱→純水增壓泵→二級反滲透→無菌純化水箱→臭氧器→純化水增壓泵→臭氧器→紫外線器→微孔過濾器→純水用水點